一个球状的洞穴，由二十二层武装隔板保护，位于第三新东京市底下。NERV的总部就是位于地底都市之内。直径约6公里，但约有81%被土埋没。若是说第三新东京市是个要塞都市的话，那么这里就是要塞的内部了。相对于地面上多半用于军事用途的建筑物，这里则是一般市民的主要收容所。建有轨道列车为出入之工具。利用上方第三新东京市之集光大楼透过光纤将光线传送到这里。电力需由外界提供。为了防范使徒的直接攻击，它和地面之间有22层的特殊装甲板。不过，再强的保护措施，似乎还是挡不住使徒接二连三的入侵……
剧集后来透露这儿原来是莉莉斯之卵的所在地，是人类灵魂诞生的地方。
NERV第二支部
NERV第二支部（NERV-02）是NERV北美支部，位于内华达沙漠内某处。EVA四号机S2机关启动实验时将之连同方圆89公里范围内的一切物体摧毁。
NERV第三支部
NERV第三支部（NERV-03）简称「德国NERV」，是NERV德国支部。EVA二号机建造于此。在联合国海军护卫下被运送到位于第三新东京市的NERV总部前，明日香显然和二号机在此接受过一段时间的训练
第三新东京市
第三新东京市（Tokyo-3）位于地底都市上方。市内建筑可以于必要时缩入地下以保障安全，有些内藏EVA的巨型装备。第三新东京市被建造作为首都以取代第二新东京市，实际上被设计用来阻截所有前来日本的使徒。城市被众多环绕其的防卫飞弹发射台所保护，坐落于第一次冲击前的日本箱根（日本本州岛岛东南部城市）。
第二新东京市
第二新东京市（Tokyo-2）是日本首都，于第二次冲击导致第一东京市毁灭后建立。位置在今日本长野（日本本州岛岛中部城市）。
东京
故事中曾展现部份水底下被毁的东京。在第二冲击引起的战争中，东京被投下第一枚N²炸弹而遭破坏。故事中亦提及过一份有关第二次冲击的官方文件（见[2])。在EndofEvangelion中，日本首相希望第三新东京市完全破坏到不适合任何生物居住的程度，然后「二十年内禁止任何人接触……好像旧东京一样」
终极教条
位于NERV总部的最底层，也是莉莉斯与隆基努斯之枪的所在地。表面上，终极教条长期封锁，但是NERV的高层（如碇源堂、冬月幸增、也可能包括律子）却可以入内；另外，加持良治在完成他的最后任务之前，也曾进入终极教条，向美里展示内里的情况。
中央大垂直沟
位于NERV总部底深遂广阔的地下空间。它的最底层存在着LCL之海，以及钉在红十字架上的LILITH。顺带一提，在生物学上来说，「CentralDogma」是指「DNA-RNA-Protein（蛋白质）」转换时的不可逆讯息流。
中央教条
NERV总部内金字塔状的控制中心，位于终极教条的正上方。中央教条的名称源自分子生物学中的中央条款，该条款解释了编译人类基因图谱的概念。
南极洲
第二次冲击发生的地方。因为第二次冲击，南极洲受到彻底破坏，现在已经变成毫无生机的一片红色海洋，海面上只剩下尖锐突出的冰柱。如缺乏保护，人类亦不能在那里生存。
LCL之海
LCL之海是一个没有AT力场的世界。在这个世界，人类的意识无分彼此，所有人的灵魂都栖息于由莉莉斯的血构成的巨大海洋之内。这是SEELE认为人类存在的终极理想形态，亦是该组织执行的人类补完计划的最终目标。
Confort17mansion
美里等人所住的公寓，但整栋就只有美里他们住而已，其它均是空房，原因不明…附带一提，美里住在第11楼。
第一脑神经科
真嗣等适任者需要住院时一定住到这里来。
人工进化研究所
SEELE的调查组织Gehirn（NERV的前身）为了掩护支用而设的机构，而其3号分室是零出生养育的地方，这里的光和水让零留有深刻的印象。研所的所长是源堂，设立于公元2003年。
第三新东京市立第一中学真嗣等人的学校，适任者及候补人选均编在2年A班。
