未知的年代，神给世人以天罚——第一次浩劫（Firstimpact），七日七夜的洪水中只有两个人乘诺亚方舟活了下来。
1999年，冬月与碇唯在京都大学相识。不久之后，六分仪源渡和冬月相识。当时源渡和唯已经在交往中。源渡一边接近唯，同时也一边接触她背后的组织Seele。
2000年9月13日，第二次浩劫（Secondimpact）发生。在南极大陆上发生了一起给地球带来巨大浩劫的异变，造成海面水位上升、地轴扭曲。如同恐龙灭绝的传说，巨大的陨石撞击地球之后灰尘遮盖天空，造成全球性气温下降。经济崩溃、民族纷争、内战……世界人口急速减少，只剩下原来的一半。南极，成为了宁静的残亡地域。人类，并未像恐龙那样灭绝，但复兴的工作，却无比严峻。
2001年，碇真治诞生，并且，所有EVA的驾驶员亦在这一年出生。
2002年，源渡和冬月为了调查第二次浩劫的起因前往南极。国联正式发表公告，称2000年9月13日的世界规模的大灾害，是由于有超光速数倍的大质量陨石，冲击南极大陆所引致，其破坏性相当于40亿年前的地球与小行星的撞击。但对于造成第二次浩劫的原因，却无人知晓。现实毕竟难以掩盖，在专家圈内，流传着一些保留下来的照片，在冲击造成的光影中，有一个巨人般的影像。也有在南极等地的幸存者称，在冲击波浪的中心，有数对巨大的翅膀。因第二次浩劫受到惊吓而陷入自闭状态的美里，被国联保护。
2003年，国联完成了对南极的调查，根据调查结果设立了位于箱根的人工进化研究所。冬月首次探访人工进化研究所，之后开始协助源渡。在人工进化研究所的地下有个广大的球形巨大空洞，而Nerv本部就利用这个空洞而建造。此时，E计划开始启动，零号机也开始建造了。
2004年，进行了EVA启动实验，在幼小的真治面前，发生了事故，真治的母亲唯在实验中消失，拯救计划失败。自从唯的事件以后，没多久，源渡决定转移实行《人类补完计划》（在这之前的他们，其目的只是实行E计划而已）。
2005年，美里和律子在长野县第二新东京市的第二东京大学内相识，之后加持和美里相识。没多久，加持和美里开始同居。在地下空洞的上方，第三新东京市开始建设。
2007年，美里和加持分手。
2008年，赤木博士完成了MAGI（三贤人）的基础理论。跟随着母亲直子，律子加入研究所，成为主要执行人。
2009年，葛城美里加入研究所。
2010年，Nerv的中枢电脑MAGI完成的当日，开发者赤木直子在掐死第一个绫波丽后自杀。人工进化研究所经过改编，成为了新的秘密组织Nerv。
2012年，在参拜母亲的陵墓时，真治在其父的面前逃离出走。自此以后一直到2015年真治都未曾和源渡见过一面。
2014年，第二个绫波丽转学进入第三新东京市第一中学校内。
2015年，使徒袭来！
从第二次浩劫后经过了15年，人类总算能重新繁荣起来。EVA已有3台可以实际使用了，而后也发现了三位14岁的少男少女可以担任EVA的驾驶员，人们不得不把未来的希望寄望在他们身上。面对重现的使徒们，肩上背负着人类存亡如此重大命运的少年们的战争现在开始了。